一是培養(yǎng)土不合理。羊肚菌發(fā)生地的土壤類型有沙質潮土、壤質潮土、黏質潮土、沙質壤土、褐壤等含腐殖質較多的土壤。種植羊肚菌應該制作添加生石灰的偏堿性的營養(yǎng)土。營養(yǎng)土的制作過程：木屑（腐熟的牛糞或廢菌棒料渣發(fā)酵）、麩皮、生石灰、石膏、玉米芯等，這些物質與表層土一起配合為疏松的營養(yǎng)土，并在營養(yǎng)土中加入蠅蛆速殺等殺蟲藥物（防治白蟻、螻蛄、蠐螬、金針蟲、地老虎、蝸牛）；
合格營養(yǎng)土的標準：澆水后，用手輕握呈團狀，用手掌輕拍呈顆粒狀，把合格營養(yǎng)土堆積呈15厘米高，寬80厘米的畦埂，畦埂與畦埂相隔20厘米，這樣有利于澆水和排水，也有利采摘羊肚菌。
二是通風管理不合理。羊肚菌屬好氧型真菌，子實體發(fā)育階段需要通氣良好。當二氧化碳濃度高時，子實體會出現瘦小、畸形甚至死亡。足夠的氧氣對羊肚菌的正常生長發(fā)育必不可少，因此保持棚內良好的通風條件和土壤通透性至關重要。但要注意通風和溫度的協(xié)調關系，既要通風，又要保溫，菇蕾幼小時，通風量過大會造成頂尖干死。
三是子實體生長期間沒有補充合理的營養(yǎng)。在子實體生長時使用含多種微生物活性酶、維生素A、B、D、氨基酸、核酸、活性果糖、葡萄糖等營養(yǎng)物質的營養(yǎng)袋，首先建立有益菌群，促進菌絲健壯，讓菌絲體在土壤里面的營養(yǎng)轉化能力增強，促進羊肚菌生長速度加快，營養(yǎng)袋里面的營養(yǎng)成分被羊肚菌的子實體全面充分吸收，讓羊肚菌的菇蕾更多，大小均勻，干物質含量提高，更有韌性，味道更加鮮美。
四是溫度和光線管理要加強。溫度方面不太好控制，溫室、大棚調節(jié)控制溫度稍好一些，露天種植羊肚菌對溫度調節(jié)控制基本為零。光線可以通過遮陰網來調節(jié)控制，子實體形成和生長發(fā)育需要一定的散射光，七分陰三分陽的光照條件適宜羊肚菌生長。
五是大棚內的空氣濕度和土壤濕度不夠。這種情況尤其容易出現在露天種植和太陽能大棚羊肚菌種植上，空氣濕度一直達不到70--85%的時候，菇蕾特別容易死亡（尤其在溫度持續(xù)升高的時候），這時候應考慮噴淋設備或者是霧化裝置進行增濕。土壤方面要隨時注意，一旦濕度降低要隨時滴灌或者澆水。
另外，羊肚菌栽培田地不宜連作，如果一塊地連續(xù)種植，土壤有效成分消耗大，殘留物積累多，病蟲害會加劇，必將導致羊肚菌出菇較小、較少，甚至不出菇。因此，為避免連作障礙，提倡菌、蔬或菌、糧輪作，可殺死大量有害微生物，同時改變土壤結構和PH值。
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